Uluslararası kategoride proje bulunamadı!
Epigenetik Müdahale Yöntemleriyle Nörogenez Hızının Arttırılması
Nörogenez hayatın anne karnında başlayan kısmından geriyatrik döneme kadar olan son aşamasına kadar beynin şekillenmesi ve bilişsel olarak işlevsellik kazanmasından sorumlu en temel nörobiyolojik işleyiştir. Öte yandan, sinir sistemi ile ilgili birçok hastalıkların ortak noktalarından birisi nörogenezin durması veya bozulmasıdır. Çeşitli in-vitro ve in-vivo hastalık modellerinde bozulan nörogenezin iyleştirilmesine yönelik birçok çalışma yapılmakla birlikte, konu halen daha yenilikçi ve kesin yöntemlerle tedavi yaklaşımları geliştirmeye muhtaçtır. Öte yandan, yakın geçmişteki en ufuk açıcı gelişmelerden birisi genomik müdehale yöntemlerinin maliyet ve zaman açısından basite indirgenerek, daha keskin neticeler alabilecek düzeye getirilmesi olarak kabul edilebilir. Son yıllarda gelişen genom manipüle etme yöntemleri eskisine kıyasla çok daha kolay biçimde epigenetik manipülasyonlar yapmanın yolunu da açmıştır. Buna göre model bir organizmanın genomunda bilindik genetik mutasyonlar oluşturmadan, istenilen genlerin etkinliğini azaltmak veya arttırmak suretiyle düzenlemek mümkün hale gelmiştir. Bu çalışmada fareden elde edilme P19 ve HT22 hücreleri ve insandan elde edilme SH-SY5Y hücre hatlarının farklı özelliklerinden yararlanılacaktır. Bu hücreler üzerinde, nörogenezin birçok hastalık modelinde tıkandığı veya yavaşladığı bilinen basamakları nöral farklılaştırıcı bazı genlerin ekspresyonları epigenetik manipülasyon yöntemleriyle arttırılarak ilerletilmeye çalışılacaktır. Bu işlemleri oluşturmak için çeşitli hücre kültürü teknikleri ve epigenomik manipülasyon araçları kullanılacaktır. Daha sonra ise bu araçların başarısı gen ekspresyonu (kantitatif-RT-PCR), immün fenotipik (immünositokimyasal boyama) ve morfolojik (dendritik analizler) düzeylerde sınanarak teyit edilecektir. Çalışamanın başarılı olması durumunda birden fazla genin epigenomik araçlarla nörogenezi manipüle etme başarısı fare genomuna yansıtan iki ayrı modelde test edilecek ve muhtemel değişimlerin insan genomunda bir karşılığı olup olmadığı mukayese edilebilecektir. Elde edilmesi muhtemel başarılı epigenetik müdehale araçları birçok hastalğın modellenmesinde in-vitro ve in-vivo olarak kullanılabilecektir. Anahtar Kelimeler: Nörogenez, Epigenetik Müdehale, CRISPR-Cas Sistemi
01.09.2019 – 22.02.2023 NAİL CAN ÖZTÜRK, ŞAKİR NECAT YILMAZ, ÇAĞATAY TARHAN, AHMET HAKAN ÖZTÜRK
Rescue food reward in obesity with neuro-modulation of gut-brain signals (BİDEB-2232 / Lider Araştırmacılar Programı- Deneyimli Araştırmacı Programı)
01.11.2019 – 01.11.2022 Maria Veldhuizen, UĞUR DAL, AHMET HAKAN ÖZTÜRK, NAİL CAN ÖZTÜRK
Nöroanatomi ve Deneysel Araştırma Laboratuvarı Altyapısının Geliştirilmesi
Bu projenin amacı Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Anatomi Anabilim Dalı (A.D.) bünyesinde kurulmuş olan, aktif olarak iki TÜBİTAK projesinin (1001 tip ARDEB (218S592 numaralı) ve BİDEB-2232 tipi (118C299 numaralı) yürütüldüğü Nöroanatomi ve Deneysel Araştırma Laboratuvarı’nın alt yapı gereksinimlerinin tamamlanmasıdır.
30.09.2020 – 22.04.2022 NAİL CAN ÖZTÜRK
Erişkin Hipokampal Nörogenez’indeki Farklılaşma Basamaklarında DNA Metilasyon Dinamiklerinin Rolünün Araştırılması
Bu projede, farklı yaşamsal evrelerdeki sıçanların mekânsal öğrenme kabileyeti Morris Su Tankı Testi (MSTT) ile arttırılmıştır. Bu öğretme eylemine cevap olarak oluşan hücresel, moleküler ve epigenetik düzeylerdeki yanıtlar, beyinde öğrenmenin ilk olarak oluştuğu hipokampus’un (HP) dentate girus (DG) kısmında incelenmiştir. Deney modelini oluşturmak için adolesan, erişkin ve yaşlanma döneminde olan Sprague Dawley erkek sıçanlar MSTT’ye alınırken (ÖG), yaş ve cinsiyet açısından denk naif sıçanlar ise kontrol olarak (KG) kullanılmıştır. Tüm sıçanlarda, DG’de öğrenme ile ilişkili bazı genlerin ekspresyon seviyeleri RT-PCR, bazılarıyla ilişkili CpG metilasyon durumları ise bisülfit sekanslama ile belirlenmiştir. Ayrıca, DG dokusunda, bazı önemli nöral ve epigenetik olaylara ait faktörler akım sitometrik olarak analiz edilmiştir. Genel sorumuza dair, histolojik çözünürlükte bir nöroepigenetik profil sunmak için de Calbindin/5hmC ikili immünohistokimyasal işaretlemesi gerçekleştirilmiştir. Fizyolojik sonuçlarımız; yaş gruplarının kendi içlerinde mekânsal öğrenme kabiliyetini arttırmış fakat bunun yaşlanmayla birlikte zayıflamış olduğunu göstermiştir. Mekânsal hafızanın ise gruplar arasında değişmediği görülmüştür. Bu fizyolojik artışa paralel, DG dokusunda analizini yaptığımız genlerin bir kısmı gruplar arasında değişmezken, bir kısmı ise belirli yaş gruplarında ÖG’de daha düşük ya da yüksek olarak ölçülmüştür. Epigenetik faktörlere ait mRNA ekspresyonunda anlamlı değişim görülmemiştir. Akım sitometrik olarak ölçülen tek anlamlı epigenetik farklılık, P45 ÖG’de KG’ye kıyasla global 5mC’deki düşüklük olarak kaydedilmiştir. Gad67 tüm yaşlarda ÖG’de KG’ye kıyasla azalırken, TH açısından tek farklılık P120 ÖG’de KG’ye kıyasla azalma olarak ölçülmüştür. İmmünohistokimyasal analizlerde, mekânsal öğrenmenin P45 DG tabakalarındaki Calbindin ekspresyonunu arttırdığı, P550’de ise bir tabakada düşürdüğü kaydedilmiştir. Bdnf Ekson IX CpG metilasyonunun tüm gruplarda yüksek olduğu tespit edilmiştir. Yaşlar içinde KG/ÖG karşılaştırmasında anlamlı farklılık gözlenmemiştir. Rac1 geniyle ilgili CpG’lerin metilasyonunun çok düşük olduğu tespit edilmiştir. Literatürde, çalışmamızla bir bütün halinde karşılaştıracak bir araştırma bulunmasa da elde ettiğimiz bilgiler benzer soruları inceleyen araştırmalarla örtüşmektedir. Araştırmamız mekânsal öğrenme kabiliyetinin altında yatan bazı nöroepigenetik dinamikleri sistematik biçimde sunması açısından benzer çalışmalara harita olabilecek niteliktedir. Anahtar Sözcükler: Erişkin Hipokampal Nörogenez, Mekânsal Öğrenme ve Hafıza, DNA Metilasyonu, Epigenetik
01.02.2017 – 01.08.2019 NAİL CAN ÖZTÜRK, ŞAKİR NECAT YILMAZ, AHMET HAKAN ÖZTÜRK, ÇAĞATAY TARHAN
Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Deney Hayvanları Araştırma Birimi ve Mersin Üniversitesi İleri Teknoloji Eğitim Araştırma ve Uygulama Merkezi’ne Modern Altyapı ve İşlerlik Kazandırılması
Alt yapı
04.03.2018 – 18.06.2018 NAİL CAN ÖZTÜRK, DERYA YETKİN, ŞAKİR NECAT YILMAZ
Anatomi öğrenci ve araştırma laboratuvarlarında çalışma ve iş sağlığı-güvenliği prensiplerine uygun altyapının sağlanması
Anatomi laboratuvarları, toksik olduğu bilinen formaldehitin yoğun kullanıldığı ortamlardır. Türkiye’de, formaldehit ve ksilen kullanılan Patoloji laboratuvar ortamlarında, iş sağlığı ve güvenliğine uygun iyileştirici çalışmalar Tıbbi Laboratuvarlar Yönetmeliği ve ilgili genelgelerle düzenlenmekte ve denetlenmektedir. Oysa Anatomi laboratuvarlarında, belki kadavra bulunan üniversite sayısının az oluşu, belki de anatominin doğrudan sağlık hizmeti veren bir birim olmayışı nedeniyle, çok daha fazla miktarlarda formaldehit maruziyeti olmasına rağmen, ISG bakımından denetleme ve iyileştirme konuları ihmal edilebilmektedir. MEU Anatomi laboratuvarı kullanıcılarının uzun süredir subjektif yakınmalarla (kötü koku, bulantı, gözlerde yanma, burunda hassasiyet gibi) dile getirdiği, kullanılan kimyasallardan kaynaklanan bir dizi sorun, Üniversite yönetiminin iş sağlığı ve güvenliği iç denetlemelerinde kayıt altına alınmış, ortam formaldehit düzeyleri ölçülmüş, organ saklama alanında, uzun süreli diseksiyon çalışmaları sırasında (1.00ppm/8h) ve kadavra havuzlarının açılması sırasında (2.5ppm/15min) ölçülen değerlerin (Ek-1), Sağlık Bakanlığının “Formaldehit ve Ksilen Ölçüm Standartları Hakkında Genelgesi”nde (Ek-2) belirttiği “Kabul edilen Maruziyet üst sınırları” kriterinin (0.75 ve 2.00ppm) üstünde olduğu tespit edilmiştir. Laboratuvar çalışma ortamını iyileştirici bir dizi önlem alınması zorunlu hale gelmiştir: Öncelikle binadaki diğer laboratuvarlardan bağımsız, kadavra kullanılan eğitim ve araştırma ortamlarının havalandırmasını iyileştirecek kapasitede, güçlü emiş ve drenaj özelliklerine sahip bir merkezi havalandırma sistemi temin edilmiştir. Şimdiki çalışmanın amacı, kadavralı ortamda araştırmacı ve öğrencilerin kadavradan yayılan kimyasaldan etkilenme düzeyinin minimuma indirilmesi, kimyasal, organ ve kadavra saklama alanlarında solunan havanın daha sağlıklı koşullara ulaştırılması için laboratuvara özgü tedbirler üretilmesi, sağlıklı ergonomik diseksiyon ve eğitim ortamının oluşturulmasının sağlanmasıdır. Materyal Metot: Formaldehit, ağır bir molekül olup, gaz halindeyken zemine çökme eğilimi göstermektedir. Diseksiyon masası gibi geniş bir alandan havaya yayılan kimyasalın, masa hizasında ve baş seviyesinin altındaki bir seviyeden çekişini sağlayan bir tasarımın hayata geçirilmesi öngörüldü. Öğrenci laboratuvarında 3 adet, 2 diseksiyon salonunda 1’er adet, masanın üzerinden hava emişini sağlayacak büyüklük ve biçimde eğik açılı, masanın kenarları boyunca dizili deliklerden geçen havanın, masanın altında toplanıp, bir uçtan adaptör aracılığıyla havalandırma ünitesine havayı boşaltabildiği kadavra diseksiyonu için özel tasarlanmış masalar kullanılacaktır. (Bu araçların işlev bakımından mevcut havalandırma sistemiyle bütünlük içinde olması kritik öneme sahiptir.) Diseksiyonda kullanılacak masa, tabure ve diseksiyon sehpaları saatler süren diseksiyon çalışmaları için ergonomik olacak şekilde planlanmıştır. Ayrıca büyük hacimli kimyasallar ve organ saklama kaplarının, kapakları kapalıyken dışarıya kimyasal sızdırmayacak, fakat raflar arasında kirli havanın yukardaki emiş adaptörüne doğru geçişine izin verecek biçimde ve üstten adaptör yardımı ile havalandırma ünitesine bağlanabilecek şekilde tasarlanmış dolaplar içinde muhafaza edilmesi planlanmaktadır. Öğrencilerin kadavra ile doğrudan temas süresini azaltmak üzere, diseksiyon görüntülerinin mikroskoptan televizyonlara aktarılarak eğitim salonunda kadavraya ait etkili görsel eğitim matery
08.05.2017 – 08.02.2018 ZELİHA KURTOĞLU OLGUNUS, AHMET HAKAN ÖZTÜRK, DENİZ UZMANSEL, ALEV BOBUŞ ÖRS, NAİL CAN ÖZTÜRK
Erişkin Olfaktör Nörogenezinde DNA Metilasyon ve Demetilasyon Dinamiklerinin Olası Rolü
Farelerde gebelik (1.trimester), doğum sırasında ve doğum sonrasında, erişkin beyninde nöron üretiminin sınırlandığı iki tabakadan biri olarak bilinen sub-ventriküler tabakada, bu tabakadan bulbus olfactorius'a kadar olan rostral göç yolu olarak isimlendirilen alanda ve bulbus olfactorius'un bazı tabakalarında nörogenez'e uğrayan hücrelerin DNA metilasyon mekanizmaları açısından epigenetik karakterlerinin ortaya çıkarılması.
01.11.2014 – 01.11.2017 NAİL CAN ÖZTÜRK, MEHMET EMİN ERDAL, ŞAKİR NECAT YILMAZ, MUSTAFA ERTAN AY
Farelerde Nikotin Yoksunluğuna Bağlı Hipokampus’ta Gerçekleşen Nöronal Değişimlerin Altında Yatan Epigenetiksel Dinamiklerinin Akım Sitometrik Olarak İncelenmesi
Sigara içme alışkanlığı gelişmiş ülkelerde azalmakta iken, bizim gibi gelişmekte olan ülkelerde sigara tüketimi her yıl artış göstermektedir. Bilindiği üzere nikotin sigaradaki en major toksik bileşendir ve düzenli sigara ve tütün ürünlerinin kullanımı sonucu bağımlılığa yol açmaktadır. Bunun yansıra sigara kullanımı ile ilişkili bozukluklar nikotin bağımlılığı ve nikotin yoksunluğu (NY) fenomeni olarak tanımlanmaktadır. NY’nda beyindeki özellikle bazı spesifik (hipokampus (HP), nucleus accumbens vd.) bölgelerdeki normal nörobiyolojik işleyiş değişimlere uğramakta ve ortaya stres, anksiyete vb. kognitif bozukluklar ortaya çıkmaktadır. Bu tez çalışmasının da konusu olan, HP’ta düzenlenen fonksiyonların temelindeki en basit moleküler işleyiş Erişkin Hipokampal Nörogenez (EHN) olarak bilinmektedir. EHN, HP’un gyrus dentatus’unun (GD) subgranüler tabakasında (SGT) hayat boyu döngüsel olarak gerçekleşen: kök hücrelerin olgun nöronlara dönüştüğü adeta bir nöronal fabrikasyon süreci olarak kabul edilmektedir. Bu konuda yapılan araştırmalar EHN’nin: HP’a bağlı öğrenme ve hafıza ile ilgili yolaklarda esas rolü üstlenecek fonksiyonel nöronların (elektrofizyolojik olarak aktif nöronlar: EFAN) üretimini sağlayan bir hücresel farklılaşma basamakları bütünü olduğunu anlaşılmıştır Bu projede temel hedef NY’de EHN sonrası uyku halindeki olgun nöronların aktifleşme kararlarında altında yatan moleküler mekanizmaların aydınlatarak ileride beyin fonksiyonları ile ilgili hastalıkların anlaşılması ve tedavi stratejilerinin oluşturulmasına zemin hazırlamaktır. Bu çalışmada ilk önce deneysel olarak oluşturacağımız NY’nun HP üzerinde stres ve anksiyete etkileri davranışsal deneylerle test edilecektir. Bunun üzerine NY ve kontrol grubu hayvanların HP’larındaki EFAN sayıları akım sitometrisi (AS) yöntemiyle kantitatif olarak karşılaştırılacak ve AS cihazının sorting (ayrıştırma) özelliğinden yararlanarak bu nöronlar tek hücre süspansiyonu şeklinde izole edilecektir (Yöntemsel ayrıntılar ilerleyen bölümlerde verilecektir). Bu işlemler sonucunda iki gruba ait elde edilen aktif nöronların DNA metilasyon/demetilasyon seviyeleri immünositokimyasal olarak semi-kantitatif düzeyde konfokokal mikroskop altında karşılaştırılacaktır. Bu çalışmadan elde edilecek epigenetiksel veriler, NY’de normal işleyişi hakkında çok az bilgiye sahip olduğumuz beyindeki birçok fonksiyonun altında yatan bu nörobiyolojik fenomen, kromatin biyolojisi düzeyinde aydınlatılmaya başlanacaktır. Ayrıca konuya tersinden yani, sinirbilim değil de epigenetik bilimi açısından baktığımızda, literatürde halen emekleme aşamasında olan fakat biyolojik işleyiş için çeşitli kritik rollere sahip olduğu düşünülen DNA’nın metilasyon ve hidroksimetilasyon mekanizmaları nörobiyolojik bir model üzerinde daha derin düzeyde anlaşılacaktır.
01.07.2016 – 01.07.2017 NAİL CAN ÖZTÜRK