Developing Biosecurity Training Program For Preperadness Of Future Disasters And Increasing The Awareness Of Microbiology Laboratory Health Professionals
Background The February 2023 earthquakes in Türkiye exposed how unprepared critical healthcare facilities are for disasters. Microbiology laboratories are especially vulnerable: they handle pathogenic microorganisms, and structural damage from earthquakes, floods, or fires can release hazardous biological agents, endangering both staff and the surrounding environment. While various institutions offer laboratory biosafety education, there is no standardised, accessible training addressing biosecurity management under exceptional circumstances, such as natural disasters. Laboratory staff at all levels needed practical guidance tailored to the unpredictable conditions of a disaster. We applied to close this gap and to build cross-border preparedness, recognising that disasters respect no borders. Objectives The project aimed to identify the biosecurity risks that medical microbiology laboratory workers may face before, during, and after a disaster, to increase their vocational skills in biosecurity, and to create a digital training set and resource centre. Specifically, we set out to: (1) develop instructions and algorithms covering biosecurity measures for microbiology laboratories before, during, and after a disaster; (2) prepare digital training sets to enhance the vocational skills of laboratory workers; and (3) establish a digital resource centre on an online platform where staff can access biosecurity information relevant to disasters. Implementation Six activities were implemented over 18 months. An online Kick-Off Meeting (hosted by TMC) launched the partnership and agreed governance, communication, and quality arrangements. A Transnational Project Meeting and Learning, Teaching and Training Activity (LTTA) in Granada, Spain, exchanged biosafety best practice and defined training needs and learning outcomes. The Creation of Training Materials and Modules activity, led by Universidade do Minho, produced the content, modules, animations, and learner handbook. A TPM in Portugal evaluated the training's effectiveness and refined the materials. A Closing Meeting in Türkiye reviewed achievements, lessons learned, and sustainability, and a multiplier event was held. A continuous Dissemination and Exploitation strand maintained the project website and resource centre throughout.
01.12.2024 – 31.05.2026 İLVANA ÇAKLOVİCA KÜÇÜKKAYA, BANU SANCAK, EMRAH RUH, HATİCE NEVGÜN ÖZEN, HİKMET AYŞEGÜL TAYLAN ÖZKAN, İLKE TOKER ÖNDER, NAZİFE ÖZTÜRK, HATİCE ESEN KOÇ, TAYLAN BOZOK
Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dezenfektanlara Karşı Direnç Profillerinin Belirlenmesi
Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), çeşitli çevresel ve klinik kaynaklardan izole edilebilen önemli bir mikrobiyal topluluk olarak kabul edilir. TDM tanımı Mycobacterium tuberculosis kompleks ve M. lepra dışında kalan mikobakteri temsil eder. TDM’ler, toprakta ve suda doğal olarak bulunan saprofitik bakterilerdir. Bu topluluğa ait yaklaşık 200 tür tespit edilmiştir. Bu mikroorganizmaların çoğu, doğal ortamlarda uzun süre hayatta kalma yetenekleri ve insan sağlığını etkileyen çeşitli enfeksiyonlara yol açmaları nedeniyle dikkat çekmektedir.Son yıllarda predispozan faktörler, direnç sorunları gibi nedenlerden dolayı TDM enfeksiyonlarının sayılarında artışlar gözlenmektedir. Mikobakteriler hücre duvar yapıları nedeniyle farklı çevresel koşullara dayanıklılık gösterebilmektedir. Özellikle hastane ortamlarında su sistemleri, havalandırmalar ve girişimsel işlemlerde kullanılan cihazlar üzerinde canlılıklarını sürdürebilmekte ve bu ortamlar enfeksiyonlara kaynak oluşturabilmektedir. Dezenfektanlar, özellikle sağlık kuruluşlarında enfeksiyon kontrolünde yaygın olarak kullanılan maddelerdir. Ancak, son yıllarda bazı mikobakterilerin dezenfektanlara karşı direnç geliştirdiği gözlemlenmiştir. Bu çalışmada, bu direnç profilinin detaylı bir şekilde incelenmesi hedeflenmektedir. Araştırmanın kavramsal çerçevesi, mikobakterilerin biyolojik özellikleri, çevresel koşullarda hayatta kalma stratejileri ve dezenfektanlara karşı direnç mekanizmaları üzerine kuruludur. Mevcut durumda, dezenfektanlara karşı direnç gösteren patojenlerin yayılımı, enfeksiyon kontrolü açısından büyük bir tehdit oluşturmaktadır. Bu nedenle mikobakterilerin farklı düzeylerdeki dezenfektanlara karşı direnç profillerinin belirlenmesi, türler arası farklılıkların veya benzerliklerin ortaya çıkarılması ve izolat özellikleri ile direnç seviyeleri arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi sağlık kurumlarındaki mikobakteriyel enfeksiyonların kontrolü ve çevresel hijyen stratejilerinde olası iyileştirme alanlarını ortaya koyulması açısından önem arz etmektedir. Çalışmamızda Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıp Fakültesi, Mersin Üniversitesi, Araştırmanın hedefi, çeşitli klinik ve çevresel örneklerden izole edilen mikobakterilerin farklı dezenfektanlara karşı direncini karşılaştırmalı olarak incelemektir.
24.04.2024 – TAYLAN BOZOK, Arij Chama
Klinik Örneklerden İzole Edilen Trichosporon Suşlarının Virülans Faktörleri ve Filogenetik Karakterizasyonları
Trichosporon spp. yüzeyel enfeksiyonla birlikte invaziv enfeksiyona da sebep olur. Trichosporon spp. tarafından neden olan invaziv enfeksiyonlar genellikle solunum ve gastrointestinal sistem kolonizasyonunu takip eder ve sıklıkla santral venöz kateter kullanımıyla ilişkilendirilir. Malign hematolojik hastalıklara sahip hastalarda, bu cins, Candida cinsinin ardından ikinci en yaygın dissemine maya enfeksiyon etkeni olarak rapor edilmiştir. Etkenin, amfoterisin B ile tedaviye rağmen %80 oranında mortaliteye yol açtığı bildirilmiştir. Dissemine trichosporonoz, çok çeşitli organları etkileyebilir ve beyin absesi, menenjit, endoftalmit, pnömoni, yumuşak doku lezyonları, lenfadenopati, endokardit, artrit, özofajit, karaciğer ve dalak absesi ve hatta uterus enfeksiyonlarına sebep olabilir. İnvaziv trichosporonoz, çoğunlukla hematolojik maligniteler ve immünsüpresyonla ilişkili diğer tıbbi durumlarda bulunurken, yüzeyel enfeksiyonlar ve alerjik pnömoni, çoğunlukla immün yetkin konakçılarda görülür. Ayrıca Trichosporon cinsi, son zamanlarda nozokomiyal fungal enfeksiyonlara neden olan mikroorganizma grupları arasında bildirilmiştir. Çalışmamızda kullanılacak Trichosporon spp. suşlarının IGS 1 primer dizileri kullanılarak filogenetik analiziyle birlikte suşların evrimsel ilişkilerini tespit etmek ve belirli virülans faktörleri ile filogenetik gruplar arasındaki ilişkileri anlamayı hedeflemekteyiz.
29.12.2023 – 29.06.2025 TAYLAN BOZOK
Türkiye’de bir üniversite hastanesinde klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinin fenotipik karakterizasyonu ve virülans faktörlerinin araştırılması
Candida türlerine bağlı enfeksiyonlar son on yıl içinde önemli ölçüde artarak yüksek morbidite ve mortaliteye neden olmaktadır. Candida türleri insanlarda ve hayvanlarda görülebildiği gibi hastaneler de dahil olmak üzere farklı ortamlarda bulunabilir. Aynı zamanda çeşitli yüzeyel ve sistemik enfeksiyonlara neden olan fırsatçı patojenlerdir. Bu çalışmanın amacı: Niğde Ömer Halisdemir Eğitim ve Araştırma Hastanesinde farklı klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinin tanımlanması, antifungal ajanlara karşı duyarlılıklarının belirlenmesi ve virülans faktörlerini araştırmaktır. Projeye toplam 300 Candida izolatı dahil edilecektir. İzole edilen Candida türlerinin tanımlanmasında konvansiyonel (germ tüp oluşumu, kromojenik besiyeri) ve moleküler yöntemler (PCR) kullanılacaktır. Candida türlerinin farklı antifungal ajanlara (flukonazol, itrakonazol, amfoterisin B ve 5-flusitozin) karşı duyarlılıkları Vitek-2 compact system cihazını kullanarak belirlenecektir. Ayrıca izole edilen Candida türlerin salgısal asit proteinaz, fosfolipaz ve biyofilm oluşturma aktiviteleri in vitro olarak araştırılacaktır. Projemizin sonucunda, Niğde ilinde Candida türlerinin prevalansı, antifungal duyarlılık profilleri ve virülans faktörlerinin belirlenmesi sağlanacaktır. Anahtar kelimeler:Candida spp., antifungal ajanlar, fırsatçı enfeksiyon, antifungal duyarlılık, Vitek-2, polimeraz zincir reaksiyonu, SAP, biyofilm
18.11.2021 – 18.05.2023 ALİ ÖZTÜRK, TAYLAN BOZOK, TUĞBA AVAN MUTLU
Pulmoner Tüberkülozlu Hastalardan İzole Edilen Mycobacterium Tuberculosis Suşlarında Moxifloxacin Direncinin Epidemiyolojik Özellikleri Moleküler Mekanizmalarının Araştırılması
Amaç: Bu çalışmada bölgemizdeki klinik materyallerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis suşlarının moksifloksasin duyarlılıklarının fenotipik yöntemlerle tespit edilmesi ve bölgesel direnç oranlarının belirlenmesi ayrıca fenotipik direnç ile gyrA genindeki mutasyonların ilişkisinin araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen pulmoner tüberkülozlu hasta örneklerinden izole edilen Mycobacterium tuberculosis suşlarından çoklu ilaç direnci görülmeyen sıralı 100 izolat ile çoklu ilaç direnci tespit edilen 37 izolat dahil edilmiştir. Bu izolatların Löwenstein-Jensen proporsiyon yöntemi kullanılarak moksifloksasin'e duyarlılıkları belirlenmiş ve epidemiyolojik özellikleri araştırılmıştır. Yine bu izolatların gyrA bölgesinin dizi analizi yapılmış ve ilaç duyarlılık oranları ile karşılaştırılmıştır. Bulgular: Fenotipik duyarlılıkları test edilen 137 izolatın 25'inde (% 18,2) moksifloksasine karşı direnç bulunmuştur. Çoklu ilaç direnci görülmeyen ve çoklu ilaç direnci görülen suşlar arasındaki direnç oranları sırasıyla % 17 ve % 21,6 olarak tespit edilmiştir. 25 dirençli klinik izolatın gönderildiği bölgelere göre dağılımına baktığımızda; izolatlardan 10'unun Adana, 6'sının Gaziantep, 5'inin Hatay, 3'ünün Mersin ve 1'inin de Kahramanmaraş iline ait oldukları tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen tüm izolatların gyrA bölgesinin dizi analizi sonucuna göre toplamda 6 örnekte tek baz mutasyonuna rastlanmıştır. Mutasyonların pozisyonları Asp94Tyr, Asp94Gly, Ala90Val, Gly88Ala ve iki örnekte de Asp89Asn şeklinde tespit edilmiştir. Mutasyon görülen örneklerin ikisi moksifloksasine fenotipik olarak duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamız sonucunda moksifloksasine karşı gelişen direncin tüberküloz tedavisine sekonder olamayacağı tespit edilmiştir. Oluşan direnç ile genin analiz edilen kısmındaki mutasyonların ilişkisinin yetersiz olduğu ve yüksek dirençten farklı moleküler mekanizmaların sorumlu olacağı görülmüştür. Moksifloksasin direncinin araştırılmasının daha geniş vaka grupları ve izolatlar kullanılarak devam ettirilmesi ayrıca bu grup ilaçlara karşı kısa sürede direnç gelişme ihtimalinin varlığı ve non-spesifik endikasyonlarda daha sınırlı kullanılması gerektiğinin ısrarla anlatılmasının önemli olacağı sonucuna varılmıştır. Anahtar Sözcükler: gyrA, Moksifloksasin, Mutasyon, Mycobacterium tuberculosis, Proporsiyon.
08.05.2013 – 28.02.2015 FATİH KÖKSAL, TAYLAN BOZOK