Koroner Arter Hastalarının Aterosklerotik Plaklarında circRNA Ifade Düzeylerinin Arastırılması
15.01.2023 – DERYA YETKİN, BAHAR TAŞDELEN, Serdal ARSLAN, ELİF BURCU TÜZEMEN BAYYURT, MEHMET BİRHAN YILMAZ, NİL ÖZBİLÜM ŞAHİN, AHMET ÇELİK, Badel Aslan, SERDAL ARSLAN
Yeşil sentez ile üretilmiş manyetik nanoparçacık tabanlı mono/bimetalik metal organik kafes yapıların anti-kanser ilaç dağıtım sistemlerinde kullanımı, sitotoksik ve genotoksik etkilerinin araştırılması
15.05.2025 – DERYA YETKİN, AYÇA AKTAŞ ŞÜKÜROĞLU, CİHAN GEÇGEL, MERAL TURABİK
Tarımsal atık olan zeytin çekirdeği ve nar kabuğundan piroliz yöntemi ile elde edilen biyokömür-odun sirkesinin klima filtresi-klima ve yüzey temizleyicisi olarak otomotiv sektöründe kullanılması
Tarımsal atıklardan elde edilen odun sirkesinin karakterizasyonu ve fiziksel özelliklerinin incelenmesi, kullanım alanları
04.11.2024 – AYLİN DÖĞEN, DERYA YETKİN, AYÇA AKTAŞ ŞÜKÜROĞLU
Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi Hastalığı Patogenezinde circRNA Ekspresyon Profillerinin Araştırılması
Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi Hastalığı Patogenezinde circRNA Ekspresyon Profillerinin Araştırılması
05.12.2023 – DERYA YETKİN, FURKAN AYAZ, GÜLHAN TEMEL
Nöral Progenitör Hücrelerin Transfeksiyon Etkinliğinin Araştırılması
Nörogenez, merkezi sinir sisteminde kök hücre özelliğindeki hücrelerin uygun şartlarda olgun ve işlevsel nöronlara (post-mitotik nöronlar) dönüştüğü normal bir süreçtir. Bu süreç embriyonik ve yetişkin nörogenez olarak ayrı ayrı incelenmektedir. Literatürde, yetişkin nörogenez ile ilgili bir çok çalışma bulunmasına rağmen bu sürecin biyolojik işleyişi, hala tam olarak anlaşılmamıştır. Bunun yanında, Alzheimer ve Parkinson gibi bazı hastalıklarda yetişkin nörogenezin sekteye uğradığı bilinmektedir. Ancak bu gibi nörodejeneretif hastalıkların altında yatan moleküler mekanizmaların ayrıntılı bir şekilde anlaşılabilmesi için daha fazla sayıda çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda gen manipülasyon araçların geliştirilmesi ve in-vitro ortamda uygulanabilme kolaylığı sayesinde nörodejeneretif hastalıkların moleküler mekanizmasının aydınlatılmasında bir çok sorunun da cevaplanmasına imkan sağlamaktadır. Bu proje ile amacımız, literatürde yeni yeni çalışılmaya başlanan ve Parkinson hasta dokusundan alınarak nöral progenitör hücre hattı haline dönüştürülmüş hücrelerin (DYS0530 hücre hattı) transfeksiyon etkinliğini ölçmeye çalışmak ve laboratuarımızda bir platform oturtarak ileride gerçekleştirilmesi hedeflenen projelerle gen manüplasyon araçlarını daha etkili bir şekilde kullanmaktır.
17.07.2023 – AYLA BATU ÖZTÜRK, NAİL CAN ÖZTÜRK, DERYA YETKİN
Nöral progenitör ve LUHMES hücrelerinin farklanma profillerinin metabolom yaklaşımı ile karşılaştırılması
Parkinson Hastalığı ile ilgili biyomarkır geliştirilmesi, yeni veya mevcut ilaç adaylarının test edilmesi için mevcut in-vitro modellerin güvenirliği halen istenilen seviyede değildir. Bu çalışmada, sağlıklı mezensefalon dokusu kaynaklı ve dopaminerjik nöronlara dönüşme kapasitesi bilinen LUHMES hücreleri ve bir Parkinson Hastası'nın derisinden elde edildikten sonra önce uyarılmış pluripotent kök hücrelere ve sonrasında ise nöral progenitör hücre formuna dönüştürülmüş nöral progenitör hücreler kullanılacaktır. İki ayrı profile sahip insan genomunu temsil eden iki farklı hücre kendilerine özgü farklanma protokolleri ile nöronal forma dönüştürüldükten sonra metabolik farklılıklarının incelenmesi için LS/MS/MS yöntemi ile metabolom analizine tabi tutulacaktır. Tüm metabolom analizi ile elde edilecek verilerin biyoenformatik olarak işlenmesiyle PH modeli olarak bir arada kullanılabilecek bu iki değerli hücrenin metabolik farklılıkları irdelenecektir.
10.07.2023 – NAİL CAN ÖZTÜRK, AYLA BATU ÖZTÜRK, DERYA YETKİN
Meme Kanseri Hücre Hatlarına Karşı Olası Bir Tedavide Yan Etkileri Minimalize Etme Potansiyeli Olan Yeni Nesil Fotodinamik Terapi Ajanlarının Test Edilmesi
Meme kanseri kadınlarda en sık rastlanan ve ölüme neden olan kanser türüdür. Hastalığın tedavisinde cerrahi operasyon, kemoterapi, radyoterapi ve fotodinamik terapi yer almaktadır. Fotodinamik tedavi (FDT) malign hücreleri yok etmek için fotosentizör bir ilaç ile kombine olarak kullanmaktadır. Porfirinler en iyi bilinen fotosentizer ilaçlardandır. Proje önerimizde iki farklı porfirin türevinin sentezlenmesi amaçlanmaktadır. Bu moleküllerin meso pozisyonundan türevlendirilmiş orijinal moleküller olması ve orijinal moleküllerde substituentlerinin FDT üzerine etkisi ilk kez incelenecektir. Yapı-aktivite çalışması yapılacaktır. Porfirin türevlerinin sentezi refluks işlemi ile gerçekleştirilecektir. Daha sonra kolon kromatografisi ile saflandırma işlemi yapılacaktır. Saf madde elde edildikten sonra madde karakterizasyonu yapılacaktır (FT-IR, 1H NMR, 13C NMR, uV). Madde karakterizasyonu sonrasında biyolojik aktivite çalışmaları yapılacaktır. Sentezlenecek olan bu porfirin türevlerinin FDT etkisi meme kanseri hücre hatları olan MCF-7 ve MDA-MB-231 hücre hatlarında bakılacaktır. Çalışmada sentezlenen porfirinlerin sağlıklı hücreler üzerinde etkisini görmek için ise 3T3fibroblast hücre hattı kullanılacaktır. Ayrıca sentezlenen porfirinlerin makrofaj hücre hattındaki (Raw 264.7) TNFα ve IL6 seviyelerine bakılarak bağışıklık hücrelerindeki etkileri incelenecektir. Bu etkilerin meme kanserinin gelişiminde ve bağışıklık sistemi tepkisinde önemli yer tutan Notch1 sinyal yolağı ile ilişkisi de çalışılacaktır. Böylece kanser kemoterapisinde geleneksel yaklaşımların dışına çıkılarak yan etkisi minimize edilmiş yeni fotodinamik terapi ilaç adayları geliştirilip karakterize edilecektir. İmmünomodülatör etkileri de incelenerek kanser tedavisinde immünoterapi ajanı olma potansiyelleri de belirlenecektir. Proje bu yaklaşımları ile alanda özgün bir değer taşımaktadır, etkili ilaç adayını belirlemek için öncelikle in vitro çalışmalar yapılacaktır. Etkili ilaç adayı belirlendikten sonra bu proje önerisi dışındaki bir başka çalışmada in vivo etkileride incelenerek yaygın etkiye sahip olacaktır.
05.10.2022 – DERYA YETKİN, FURKAN AYAZ, HARİKA TOPAL ÖNAL
Geleneksel Yöntemle Elde Edilmiş Sedir Katranının Ülser Etmeni Helicobacter pylori Üzerine Etkisinin Çok Yönlü Olarak Araştırılması
katranın ülser tedavisinde etkisi
01.03.2022 – DERYA YETKİN, ÖZGÜR YILMAZ, KENAN ÇEVİK, PINAR KÜCE ÇEVİK, YUSUF KURT
Meme ve Over Kanseri Hücrelerine Karşı Nanopartiküllerin in Vitro Olarak Antikanser Etkinliklerinin İncelenmesi
Meme kanseri, tüm dünyada en sık görülen ikinci kanser olmakla beraber kadınlarda en sık rastlanan kanser türüdür. Günümüzde meme kanseri, birçok hastanın ve hasta yakınının yaşam kalitesini, ekonomisini etkileyen ve sağlık hizmetlerini de önemli bir biçimde sarsan, çok hızlı yayılabilen önemli bir hastalıktır. Meme kanserinin tedavisi hastalığın evresi ile ilgilidir. Günümüzde meme kanseri tedavisinde; cerrahi, kemoterapi, radyoterapi, endokrin tedavi gibi farklı birçok yöntem kullanılmaktadır. Bu yöntemler en yaygın kullanılan kemoterapi kanser tedavisi yöntemleri arasında yer alsa da yan etkileri açısından önemli eksiklikler taşımaktadırlar. Bundan dolayı kansere karşı yeni tedavi yöntemleri geliştirmek önem arz etmektedir. Bu yan etkilerin üstesinden gelmek için, son zamanlarda, nanotıp aracılı modalitelerin, aktif/pasif hedeflemeleri, yüksek çözünürlük/biyoyararlanımları, biyouyumlulukları ve çok işlevli olmaları nedeniyle kanser tedavisinde çok ilgi görmektedir. Çinko oksit nanopartikülleri (NP'ler), boya, yüzey kaplama ve kozmetik gibi endüstriyel ürünlerde sıklıkla kullanılmaktadır. ZnO, son zamanlarda biyolojik ve biyomedikal alanlarda da kullanılmaya başlanmıştır. Bundan dolayı çalışmamızda saf ve Mn katkılı ZnO nanopartikülleri hidrotermal yöntemle sentezlenerek, A 2780 over kanser hücre hattı,ER+ (MCF-7), ER- insan meme kanseri hücre hattı (MDA-MB-231) ve normal insan fibroblast hücre hattı (BJ-5ta) sitotoksisite, apoptoz, hücre döngüsü, Notch sinyal yolağı ve ultrastrüktürel yapı üzerindeki olası etkilerini araştırmak için yapılacaktır. Böylece hangi konsantrasyondaki metal katkılı nanopartikülün meme kanseri tedavisinde etkili olup olmadığı tespit edilip, ileriki çalışmalarda hayvan deneyleri için ön hazırlıklar yapılmış olacaktır. Bu çalışma sonucunda bilimsel çalışma alanına yeni ilaç adaylarını kazandırılması ve bu ilaç adaylarının ülkemizde üretilmesi ile ekonomimize de katkı sunması beklenmektedir.
28.06.2021 – SELMA ERAT, AHMET DAĞ, EMEL SEZER, YASEMİN YUYUCU KARABULUT, TOLGAY TUYAN İLHAN, FURKAN AYAZ, SAADET YILDIRIMCAN, ŞEVKİ GÖKSUN GÖKULU, DERYA YETKİN
Nöral Progenitör Hücrelerin Transfeksiyon Etkinliğinin Araştırılması
Nörogenez, merkezi sinir sisteminde kök hücre özelliğindeki hücrelerin uygun şartlarda olgun ve işlevsel nöronlara (post-mitotik nöronlar) dönüştüğü normal bir süreçtir. Bu süreç embriyonik ve yetişkin nörogenez olarak ayrı ayrı incelenmektedir. Literatürde, yetişkin nörogenez ile ilgili bir çok çalışma bulunmasına rağmen bu sürecin biyolojik işleyişi, hala tam olarak anlaşılmamıştır. Bunun yanında, Alzheimer ve Parkinson gibi bazı hastalıklarda yetişkin nörogenezin sekteye uğradığı bilinmektedir. Ancak bu gibi nörodejeneretif hastalıkların altında yatan moleküler mekanizmaların ayrıntılı bir şekilde anlaşılabilmesi için daha fazla sayıda çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda gen manipülasyon araçların geliştirilmesi ve in-vitro ortamda uygulanabilme kolaylığı sayesinde nörodejeneretif hastalıkların moleküler mekanizmasının aydınlatılmasında bir çok sorunun da cevaplanmasına imkan sağlamaktadır. Bu proje ile amacımız, literatürde yeni yeni çalışılmaya başlanan ve Parkinson hasta dokusundan alınarak nöral progenitör hücre hattı haline dönüştürülmüş hücrelerin (DYS0530 hücre hattı) transfeksiyon etkinliğini ölçmeye çalışmak ve laboratuarımızda bir platform oturtarak ileride gerçekleştirilmesi hedeflenen projelerle gen manüplasyon araçlarını daha etkili bir şekilde kullanmaktır.
17.07.2023 – 17.01.2025 AYLA BATU ÖZTÜRK, NAİL CAN ÖZTÜRK, DERYA YETKİN, MARİA GERALDİNE VELDHUİZEN
Kiral tiyoüre-Pt kompleksinin sentezi, karakterizasyonu ve Over Kanseri Hücrelerine Karşı Olası Anti-Kanser Etkilerinin Belirlenmesi
Over kanseri en ölümcül jinekolojik hastalıklardan biridir ve dünya çapında kadınlarda kansere bağlı ölümlerde dördüncü sıradadır. Günümüzde over kanseri, birçok hastanın ve hasta yakınının yaşam kalitesini, ekonomisini etkileyen ve sağlık hizmetlerini de önemli bir biçimde sarsan, çok hızlı yayılabilen önemli bir hastalıktır. Over kanseri belirtileri geç septomlar gösterdiği için tanı konulana kadar kanser metastaz yapmakta ve hastaların yaşama oranları azalmaktadır. Günümüzde over kanseri tedavisinde; cerrahi, kemoterapi gibi farklı birçok yöntem kullanılmaktadır. Kemoterapi, kanser tedavisi yöntemleri arasında sık kullanılan bir tedavi yöntemi olsa da yan etkileri açısından önemli eksiklikler taşımaktadırlar. Bundan dolayı kansere karşı yeni tedavi yöntemleri geliştirmek önem arz etmektedir. Bu yan etkilerin üstesinden gelmek için, son zamanlarda, yeni sentezlenen tiyoüre türevi bileşiklerin, çok işlevli olmaları nedeniyle kanser tedavisinde çok ilgi görmektedir. Bundan dolayı çalışmamızda ((S)-N-(benzil(1-fenilpropil)karbamotiyol)benzamid)2Pt bileşiği sentezlenerek, SKOV-3, A 2780-CP over kanser hücre hatları ve normal insan fibroblast hücre hattı (BJ-5ta) sitotoksisite, apoptoz, hücre döngüsü üzerindeki olası etkilerini araştırmak için yapılacaktır. Böylece ((S)-N-(benzil(1-fenilpropil)karbamotiyol)benzamid)2Pt bileşiğinin over kanseri tedavisinde etkili olup olmadığı tespit edilip, ileriki çalışmalarda hayvan deneyleri için ön hazırlıklar yapılmış olacaktır. Bu çalışma sonucunda bilimsel çalışma alanına yeni ilaç adaylarını kazandırılması ve bu ilaç adaylarının ülkemizde üretilmesi ile ekonomimize de katkı sunması beklenmektedir.
26.07.2023 – 26.07.2024 FADİLE DEFNE YALDIZ, DERYA YETKİN, TUNCAY İNCE
Naftokinon Türevi Bileşiklerin Deneysel Fare Meme Kanseri Modeli Üzerinde Antikanser Etkinliklerinin İncelenmesi
Bu çalışmada, TÜBİTAK-1001 118Z407 nolu proje kapsamında yapılan çalışmamızda MCF-7 insan meme kanser hücre hattı üzerinde in vitro olarak etkili oldukları belirlenen naftokinon türevi dört adet bileşiğin deneysel fare meme kanseri modeli üzerinde antikanser etkinliklerinin incelenmesi amaçlanmaktadır. Bileşiklerin 4T1 hücre hattı ile indüklenmiş-fare meme kanser modelinde etkin dozlarını belirlenecektir. Bileşiklerin tespit edilen etkin dozları farelere intraperitoneal olarak uygulanacak ve klinik ölçüm, radyolojik görüntüleme, histopatolojik, ve biyokimyasal analizlerle değerlendirilecektir. Bileşiklerin daha önceki çalışmalarda in vitro antikanser etkiye sahip olduklarının belirlenmiş olması ve bundan dolayı fare meme kanseri modeli üzerinde de potansiyel antikanser etkinliğe sahip olması projenin en önemli özgün değeridir. Projede bileşiklerden antikanser etkinlik görülmesi halinde, bileşiklerin yeni olmalarından dolayı patentlerinin alınmasının önünde herhangi sorunun bulunmaması da projenin bir başka önemli özgün değeridir. Sunulan bu projedeki bileşiklerden elde edilecek antikanser aktivite sonuçlarına göre üniversite-ilaç sanayi işbirliğinde yeni projelerin yazılma potansiyeli çok yüksektir.
28.06.2021 – 28.12.2023 YAHYA NURAL, AHMET DAĞ, BAHAR TAŞDELEN, LOKMAN AYAZ, MEHMET YALDIZ, DERYA YETKİN
Pestisitlerin bağışıklık sisteminin iltihaplı tepkilerini düzenlemesinin moleküler seviyede incelenmesi
Zararlı organizmalar; insanların gıdalarında ve mallarında hasara yol açan ayrıca sağlık sorunlarına neden olan; haşereler, patojenler, yumuşakçalar, yabani otlar, kuşlar, balıklar, memeliler, solucanlar ve mikroplar şeklinde sıralanabilir. Pestisitler ise zararlıları kontrol altına almak, zararlarını azaltmak veya engellemek için kullanılan maddelerdir. Pestisit, kimyasal bir madde, bakteri veya virüs gibi biyolojik bir canlı, antimikrobiyal bir ürün veya dezenfektan vb. olabilir. Bunlardan en çok tercih edileni ise, kimyasal yapıdaki pestisitlerdir. Pestisitlerin tamamına yakını, sadece hedef organizmaya etki eden seçici bir özellik gösteremediklerinden, hedef olmayan organizmalarda da bazı hastalık ve ölümlere neden olabilmektedirler. Pestisitler besin zinciri, solunum veya temas yoluyla vücuda girerek toksik etkilere ve ciddi sağlık sorunlarına sebep olmaktadırlar. Pestisitlerin önemli bir grubu ise insektisitlerdir. İnsektisit zararlı böceklere karşı kullanılan kimyasal maddelerdir. Bunlar böceklerin yumurtalarına karşı kullanılan ovisid ve larvalarına karşı kullanılan larvisidleri içerir. Günümüzde insektisitler ziraat, tıp ve endüstriyel alanlar ile ev ortamında zararlı böceklerle mücadelede sıklıkla kullanılmaktadır. Ayrıca 20. yüzyılda tarımsal verimliğin artışının arkasındaki en önemli faktörlerden biri olduğuna inanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, İnsektisit türlerinden bir olan Lambda sihalotrin’nin bağışıklık sistemi üzerine etkilerini araştırmaktır. Bu çalışmada makrofaj hücre hattındaki (Raw 264.7) seviyelerine bakılarak bağışıklık hücrelerindeki etkileri incelenecektir. Bu etkilerin bağışıklık sistemi tepkisinde TNFa, GMCSF, IL12-p40, NF-κB, p38 ve IL6 gen ekspresyon düzeyleri ile ilişkisi de çalışılacaktır.
25.10.2022 – 25.10.2023 SERDAL ARSLAN, BADEL İNCE, DERYA YETKİN, FURKAN AYAZ
Kişiselleştirilmiş Kanser İmmünoterapi Tedavi Yönteminde Farklı Bağışıklık Sistemi Hücre Türleri ve Alt Tiplerinin Etkinliklerinin İn Vitro ve Ex Vivo Yöntemlerle Belirlenmesi
Kişiselleştirilmiş Kanser İmmünoterapi Tedavi Yönteminde Farklı Bağışıklık Sistemi Hücre Türleri ve Alt Tiplerinin Etkinliklerinin İn Vitro ve Ex Vivo Yöntemlerle Belirlenmesi
01.03.2021 – 04.12.2022 DERYA YETKİN
Kalkon-İzooksazol Hibrit Bileşiklerinin Sentezi ve Antikanser Özelliklerinin Araştırılması
Kalkon-İzooksazol Hibrit Bileşiklerinin Sentezi ve Antikanser Özelliklerinin Araştırılması
01.10.2019 – 01.10.2020 DERYA YETKİN, DERYA ANIL
Fare Hipokampusunda Nörojenik Niş Elemanı Olarak Astrositlerin, Gebelik ve Sonrası Dönemde Nörogeneze Etkilerinin İncelenmesi
Erişkin beyninin hipokampusunda çoğalan nöral kök hücrelerin sub granüler zona yerleştiği ve burada entegre olarak işlev kazandıkları bilinmektedir. Nörojenezin gerçekleştiği mikroçevre nörojenik niş olarak adlandırılır. Bu nişlerde pek çok farklı etken nörojenez dinamikleri üzerinde etki gösterir. Bu etkenlerden birisi de beynin glial destek hücreleri olan astrositlerdir. Bu hücrelerin nörojenezdeki işlevleriyle ilgili çok sayıda çalışma bulunmaktadır. Gebelik sürecinin de nörojenez üzerinde önemli etkilerinin olduğu pek çok çalışmayla ortaya konulmuştur. Gebeliğin astrositler üzerinde de önemli değişikliklere yol açtığı farklı çalışmalarda gösterilmiştir. Ancak gebelik sürecinde astoritlerin nörojenez üzerindeki etkilerinin değişip değişmediği, varsa bu değişimin nasıl olduğu konusunda çalışmalar literatürde bulunmamaktadıra rastlayamadık. Çalışmamızda hiç doğum yapmamış nullipar (n=6), gebeliğin 7. gününde (n=6), gebeliğin 17. gününde (n=6), doğumun gerçekleştiği yaptığı günde (n=6), lohusa 7. gününde (n=6), lohusa 28. gününde (n=6) ve lohusa 40. gününde (n=6) olmak üzere 42 hayvan kullanılacaktır. Hayvanlardan anestezi altında beyinlerinden hipokampusları çıkarılacak ve bir taraf doklularından enzimatik disosiyasyon sonrası akım sitometrik sorting yöntemiyle olgun astrositler toplanacaktır. Diğer taraf hipokampusu ise paraformaldehitle tespit edilecek ve dondurup kesitler alınacaktır. Sorting ile toplanan astrositlerden mRNA izolasyonu yapıldıktan sonra, kantitatif PCR yöntemi ile nörojenezde rol oynadığı bilinen faktörlere ait genlerin ekspresyonları analiz edilecektir. Dondurma kesitler ise astrosit ve nöral kök hücre belirteç antikorları ile ikili işaretlenecek ve nörojenez mikroçevresindeki astrosit dağılımlarının gebelik öncesi, esnası ve sonrasındaki değişimleri değerlendirilecektir. Elde edilecek tüm bulgular birlikte analiz edildikten sonra yorumlanacak ve bilimsel bildiri ve yayın olarak hazırlanacaktır.
03.07.2017 – 03.07.2020 DERYA YETKİN, ŞAKİR NECAT YILMAZ, DENİZ KİBAR
DOKU VE HÜCRE KÜLTÜRÜ ÇALIŞMALARINDA KULLANILMAK ÜZERE YENİ İNSAN FİBROBLAST HÜCRE HATLARININ OLUŞTURULMASI VE TİCARİ FİBROBLAST HÜCRE HATLARI İLE KARŞILAŞTIRILMASI
Fibroblast hücreleri bağlayıcı dokunun en önemli ve yaygın hücre türleridir. Bağlayıcı dokudaki hücre dışı matriks proteinlerinin ve kollajenin sentezinde fibroblastlar diğer bağlayıcı doku hücreleri olan kıkırdak ve kemik hücreleri ile birlikte önemli rol oynarlar. Yapısal çerçevenin oluşumunun yanı sıra fibroblastlar ayrıca yara oluşumu ve iyileşmesi süreçlerinde de büyük öneme sahiptirler Fibroblast hücreleri bütün organlar için destek sağlamanın dışında dokuya zarar geldiği durumlarda doku onarımını hem salgıladıkları biyomoleküller ile hem de farklı hücre türlerine dönüşüm kapasiteleri ile gerçekleştirirler. Bu hücreler bağlayıcı dokunun en az değişime uğramış hücreleridirler. Bu sebeple bir doku hakkında genel bilgi sahibi olmamız için bilimsel çalışmalarda önemli bir yere sahiptirler. Tehlike durumunda bile çoğalabilme kapasiteleri ayrıca diğer hücrelerden gelecek sinyallere çok da bağlı kalmadan yaşayabilme özelliklerinden dolayı fibroblastlar hücre kültürü çalışmaları için in vitro ortamda çalışılabilecek en popüler hücre türüdürler. Bütün dokularımızda mevcut olmalarının yanı sıra yara oluşumunu sağlayarak bağışıklık sistemine destek olan bu hücre türü çeşitli iltihaplı hastalıklar, kanser hastalıkları ve de hücreleri daha iyi sağlamamızı sağlayan hücre kültürü çalışmalarında büyük önem arz etmektedirler. İn vitro ortamda popüler bir biyoteknolojik araç olan fibroblastlar elde ettiğimiz sentetik ya da doğal maddelerin hücreler ve organizma üzerinde nasıl bir etkiye sahip olacaklarını test edip hızlı ve sağlıklı bir şekilde fikir edinmemizi sağlarlar. Birincil hücre kültürü ile yapılabilecek bu testler her ne kadar önemli sonuçları elde etmemizi sağlasa bile her deney seti için birincil hücre örnekleri toplama zorluğu ayrıca hücrelerin izole edildiği birey değiştiği zaman hücrenin moleküler davranışlarındaki ve parametrelerindeki oynamalar yapılan çalışmaların sağlıklı bir şekilde ilerlemesine engellemektedir. Bu sorunu aşabilmemiz için birincil hücrelerden hücre hattı oluşturularak hem hücrelerin sürekli izolasyonu ve de gönüllü birey bulmakta yaşanan zorluklar engelleniyor hem de moleküler seviyede parametreleri daha homojen bir populasyon üzerinde çalışamaların yapılması sağlanıyor. Bu çalışma ile yeni insan fibroblast hücre hatları oluşturulması hedeflenmektedir. Oluşturulacak hücreler patentleme sonrası hem ulusal hem de uluslararası araştırmacıların kullanımına sunularak bilimsel çalışmalara destek sağlayacaktır. Ayrıca Mersin Üniversitesi’nden çıkacak olan böyle bir bilimsel araç üniversiteye prestijin yanı sıra ekonomik katkı da sağlayacaktır.
02.01.2018 – 02.01.2020 FURKAN AYAZ, ÖZTEKİN ALGÜL, DERYA YETKİN
Kritik Boyutlu Sıçan Kalvaryum Defektlerinde Hayvan kaynaklı Kemik Grefti İle Birlikte Kullanılan Kollajen Jel (TSV-Gel) ve Otolog Fibrin Yapıştırıcının (AFG) Kemik İyileşmesindeki Etkilerinin Değerlendirilmesi
Giriş: Ağız ve yüz bölgesinde, kemik defektlerinin yapısal ve fonksiyonel olarak rekonstrüksiyonuna ilişkin problemler her zaman tatmin edici bir şekilde çözülemez ve bu durum günümüzde rekonstrüktif cerrahide karşılaşılan en zor problemdir. Teknolojideki gelişmeler ile, kemik defektlerini düzeltmek için birçok yeni tedavi yöntemi ve biyomateryal kullanılmaktadır. Bunlardan biri de Otojen Fibrin Yapıştırıcı (Autogenous Fibrine Glue - AFG)’dır. PRP, PRF, i-PRF ve CGF gibi AFG’de bir biyoaktif trombosit ürünüdür. AFG, hastanın kendi venöz kanından hazırlanır. AFG'yi elde etmek için, test tüplerindeki kan, 12 dakika boyunca, 2400-2700 rpm'de dönüşümlü ve kontrollü bir hızda dönen bir rotora sahip spesifik santrifüj (Medifuge veya diğer uyumlu cihazlar)cihazları kullanılarak santrifüj edilir. AFG için santrifüj süresi 2-12 dakika arasında değişebilir. Daha yüksek büyüme faktörleri elde etmek için, 2 dakikalık santrifüjden sonra durdurulur ve AFG tüpü alınır. Kaplanmamış tüp 2 farklı katman gösterir. Üst tabaka otolog fibrin yapıştırıcı (AFG) tabakasıdır ve atılacak olan alt tabakada kırmızı kan hücresi toplanır. AFG, partikül şeklinde greft ile karıştırılarak “yapışkan kemik(sticky bone)” elde edilir. Bu yapışkan kemik, güçlü bir şekilde birbirine bağlanan fibrin ağı sayesinde sallansa dahi dağılmaz. Böylece, iyileşme döneminde defektteki kemik kaybı en aza indirilebilir. Diğer taraftan, partiküllü greft materyalleri ile karıştırılmak üzere üretilen mevcut ürünlerden biri de “TSV-Gel” dir. AFG ile benzer şekilde, bu ürün greftin taşınmasını ve yerleştirilmesini kolaylaştırır ve iyileşme sürecinde defekt üzerindeki kemik kaybını azaltabilir. Gen-Os, TriKalsiyum Fosfat veya HidroksilApatit greftlerinden daha iyi osseokondüktif kapasiteye sahip olduğu için TSV-Gel’in Osteobiol Gen-Os greft materyali ile kombinasyon halinde kullanımı önerilmektedir. Amaç: Bu çalışmanın amacı, kritik boyutlu rat kalvaryum defektlerine hayvan kaynakllı kemik grefti ile birlikte uygulanacak otolog fibrin yapıştırıcı (AFG) ve (TSV-Gel) ile iki kontrol grubu (boş kontrol grubu ve sadece kemik grefti) arasındaki farkların histolojik ve immunhistokimyasal analiz metotları ile incelenmesidir. Yöntem: Bu çalışma 42 dişi wistar sıçan üzerinde planlanmaktadır. İki sıçan, AFG elde etmek için feda edilecektir. Kalan sıçanlar dört gruba ayrılacaktır. Her bir sıçanın kalvaryumuna tam kalınlık halka şeklinde kemik defekti (7 mm’lik kritik boyutta) hazırlanacaktır. Grup A (n = 10) boş kontrol grubu, Grup B (n = 10) Gen-Os kontrol grubu, Grup C (n = 10) AFG ve Gen-Os kombinasyon grubu ve Grup D (n = 10) TSV-Gel ve Gen-Os kombinasyon grubu olacaktır. 4. ve 8. haftaların sonunda, her bir gruptan beş sıçan sakrifye edilecektir. Ardından histolojik ve immünhistokimyasal olarak incelenecektir.
01.08.2018 – 01.11.2019 DERYA YETKİN, AYŞE ÖZCAN KÜÇÜK
Östrojen Ve Progesteronun Safen Ven Düz Kas Hücreleri Üzerindeki Proliferatif, Migratif Ve İnvaziv Etkilerinin In Vitro Olarak Araştırılması (217S214)
Menopoz sonrası kadınlarda koroner arter hastalığının görülme sıklığının, eksojen östrojenlerle yapılan tedavi ile belirgin şekilde azaldığını gösteren çalışmalar mevcuttur. Bu etkinin olası bir mekanizmasının, aterogenez ve vasküler restenoz için kritik bir işlem olan vasküler düz kas hücre büyümesi ve göçünün östrojen ve türevleri tarafından inhibisyonu olduğu düşünülmektedir. Progesteron, rahimdeki östrojen etkilerine karşı antagonizm gösterir, ancak östrojenlerin vasküler düz kas hücreleri üzerideki etkilerini arttırır. Farklı hedeflerdeki östrojen veya progesteron etkisinin heterojenliği için olası bir açıklama, bazı dokuların, ”wild tip” reseptörlerden farklı transkripsiyonel etkilere sahip varyant reseptör (ÖR veya PR) biçimlerini ifade etmeleridir. Östrojen ve progesteron reseptörleri ligandla aktive olan transkripsiyon faktörleridir. Aktive edilmiş ÖR ve PR hedef genlerin promotörlerinde kendi cevap elemanlarına bağlanır, böylece gen ekspresyonunu düzenlerler. Bu iki hormonun çeşitli hücreler üzerindeki etkilerine dair çelişkili raporlar vardır. Bu çelişkinin safen ven düz kas hücreleri üzerindeki etkilerinin altında yatan moleküler programlanmaya yanıt aradığımız bu çalışmada, özellikle aterogenez gibi patolojik süreçlerdeki öneminden ötürü VDK hücrelerinin proliferatif, migratif ve invaziv profillerindeki değişimlerle matris metalloproteinazları ve bunların inhibitörlerinin ekspresyonları incelenmiştir.Matris metaloproteinazları (MMP’xxler), hücre dışı matrisin (ECM) bileşenlerini seçici olarak bozma yeteneklerinden dolayı vasküler yeniden biçimlendirmede rol oynar. MMP’xxler, fibroblastlar, vasküler düz kas hücreleri (VDKH) ve lökositler tarafından inaktif pro-MMP’xxler olarak salgılanan çinko bağlayıcı endopeptidazlardır. Pro-MMP’xxler, diğer MMP’xxler ve proteinazlar dahil olmak üzere çeşitli aktivatörler tarafından aktive edilir. MMP’xxler, kollajen ve elastin gibi hücre dışı matris (ECM) proteinlerinin bozulmasına neden olur ve endotel fonksiyonu üzerinde, VDK hücre göçü, proliferasyonu ve Ca2 sinyalleşmesi üzerinde ilave etkiler yapar. Literatürde, pek çok kardiyovasküler sistem hastalığının öncülü olduğu düşünülen aterom oluşumunda, bu enzimlerin olası rolünü inceleyen çalışmalar mevcuttur. Damarlarda endotel altındaki bağ dokuya lökositlerin infiltrasyonu ve damar duvarının enflamasyonunun MMP’xxlerde artışa neden olduğu bilinmektedir. Özellikle MMP-2 ve -9’xxun, vasküler endotel ve medial hücre katmanlarını ayıran bazal membranın ana bileşeni olan kolajen tip IV’xxü degrade etme kabiliyetleri nedeniyle yeniden yapılanmada önemli bir rol oynadığı düşünülmektedir. MMP ekspresyonu sitokinler, büyüme faktörleri, stres veya iltihaplanma ile indüklenebilir MMP-spesifik endojen inhibitörlerle (TIMP) inhibe edilebilir. Daha önce kadın cinsiyet hormonlarının izoform spesifik mekanizmalar yoluyla MMP yollarını etkilediği gösterilmiştir. MMP’xxlerin, ve TIMP’xxlerin ifadesinde ve / veya aktivitesindeki dengenin bozulması patolojik yeniden yapılanma ile ilişkilendirilmiştir.Sonuç raporu sunulan çalışmanın amacı, aterogenez sürecindeki ana hücre tipi olan VDKH ’xxlerde östrojen ve progesteron tarafından düzenlenen MMP ve TIMP ekspresyonunu ve aktivitesini incelemek amacıyla yapılmıştır. Östrojen ve progesteronun, ayrı ayrı ve kombine uygulamasının VDKH’xxlerde MMP/ TIMP enzimlerinin seviyelerinde ve fonksiyonlarında meydana getirdiği değişiklikler in vitro olarak incelenmiştir.
01.03.2018 – 01.09.2019 BANU COŞKUN YILMAZ, NEHİR SUCU, DENİZ KİBAR, DERYA YETKİN, Berrin Maraşlıgil
Piretroid İnsektisitlerin Vasküler Düz Kaslarda ATP-Duyarlı Potasyum Kanalı Üzerine Etkileri
Piretroid insektisitler zararlı böceklerle mücadelede tüm dünyada yaygın olarak kullanılmaktadırlar. Bu mücadelede hedef zararlıların yanı sıra hedef olmayan canlıları da oldukça fazla etkilemektedirler. Yapılan çalışmalarla sinir, gastrointestinal, endokrin ve üreme sistemleri üzerine olumsuz etkileri gösterilmiştir. Ancak literatürde piretroid insektisitlerin kardiyovasküler sistem üzerine yapılan çalışmaları sınırlıdır. Bu nedenle planlanan bu çalışma ile piretroid insektisitlerin vasküler düz kaslar üzerine etkileri araştırılacaktır. Planlanan bu çalışmada, sıçan aorta vasküler düz kas hücre hattına belirlenen insektisitler (permetrin,sipermetrin) uygulanarak, hücre zarında potasyum kanal akımları, sitotoksik ve biyokimyasal etkiler değerlendirilecektir. Bu amaçla biri kontrol, üçü permetrin doz grupları ve üçü de sipermetrin doz grupları olmak üzere toplam 7 grup kullanılacaktır.Potasyum kanal akımları Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik laboratuarında, sitotoksik etkiler MEİTAM'da ve gen ekspresyon deneyleri ve ATP-az aktivitesi Mersin Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı'nda gerçekleştirilecektir. Kontrol grubu ile deney gruplarından elde edilen veriler arasında istatistiksel olarak önemli bir farkın olup olmadığı SPSS paket program kullanılarak saptanacaktır. Analiz sonucunda deney ve kontrol gruplarında edilecek olan verilerle farklı tipteki piretroid insektisitlerin vasküler düz kasta bulunan ATP-duyarlı potasyum kanallarını elektrobiyofiziksel ve biyokimyasal olarak nasıl etkilediği ve vasküler düz kaslarda sitotoksik etkilerinin olup olmadığı yorumlanacaktır.
01.07.2016 – 01.07.2019 FATMA SÖĞÜT, ÜLKÜ ÇÖMELEKOĞLU, SERAP YALIN, COŞAR UZUN, PELİN EROĞLU, DERYA YETKİN, ALİ ERDİNÇ YALIN, ŞAKİR NECAT YILMAZ
Radyoterapi Uygulanan Prostat Kanseri Hücrelerinde İmipraminin Radyosensitif Rolünün Araştırılması
Radyoterapi, erkeklerde en sık görülen kanser türlerinden biri olan prostat kanseri tedavisinde kullanılan yöntemlerden biridir. Prostat kanseri radyoterapisinde kür sağlamak amacıyla yüksek dozlar ile ışınlama yapmak kanser hücrelerini öldürürken etraftaki normal dokulara da zarar vermektedir. Bu nedenle radyasyon dozunu arttırmadan radyosensitif özelliğe sahip farmakolojik ilaçlar radyoterapi ile kombine edilerek, normal doku ve organlara minimum yan etki ile radyoterapinin etkinliği arttırılabilmektedir. Önerilen bu çalışmada antidepresan olarak kullanılan ve kanserli hücrelerde voltaj duyarlı kanal ailesinden eag-1 potasyum kanallarını inhibe ederek kanserli hücrelerin çoğalmasını engellediği gösterilen imipraminin, prostat kanseri tedavisinde radyoterapinin etkinliği üzerine etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada DU-145 prostat kanseri hücreleri kullanılacaktır. Hücreler 4 gruba ayrılacaktır. 1. grup kontrol grubudur. Kontrol grubundaki prostat hücrelerine herhangi bir uygulama yapılmayacaktır. 2. grup imipiramin grubu olup, bu gruptaki prostat hücrelerine 75 µM imipramin uygulanacaktır. 3.grup ise, radyoterapi grubudur. Radyoterapi grubundaki prostat hücrelerine 2 Gy radyasyon dozu verilecektir. 4. grup ise, radyoterapi+imipramin grubudur. Radyoterapi+imipramin grubundaki prostat hücrelerine 2 Gy radyoterapi ve 75 µM imipramin uygulanacaktır. Radyoterapi uygulandıktan 1 saat sonra grupların analizlerine başlanacaktır. Tüm gruplarda xCELLigence sistemi ile hücre indeksi hesaplanacak, patch-clamp yöntemi ile eag-1 potasyum kanal akımları ölçülecek, akım sitometri yöntemiyle DNA hücre döngüsü analizi yapılacak, akım sitometrik hücre yüzeyinde Annexin-V-FITC ile apoptoz ölçülecek ve biyokimyasal yöntemlerle, lipid peroksidasyonu ve antioksidan enzim düzeyleri saptanacaktır. Sonuçlar elde edildikten sonra gruplar arasındaki farklar istatistiksel analizle belirlenecektir. İmipraminin radyoterapinin etkinliğini arttırdığının gösterilmesi durumunda, radyasyon dozu arttırılmadan radyoterapinin prostat kanserli hücrelerde etkinliğinin arttırılabileceği, bunun sağlıklı hücrelerde oluşan olumsuzlukları azaltarak tedavi giderlerini azaltabileceği ve sosyo-ekonomik alanda olumlu katkısı olabileceği düşünülmektedir.
03.07.2017 – 03.01.2019 ŞAKİR NECAT YILMAZ, DERYA YETKİN, ÜLKÜ ÇÖMELEKOĞLU, SONGÜL BARLAZ US, SERAP YALIN, FATMA SÖĞÜT
Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Deney Hayvanları Araştırma Birimi ve Mersin Üniversitesi İleri Teknoloji Eğitim Araştırma ve Uygulama Merkezi’ne Modern Altyapı ve İşlerlik Kazandırılması
Sunduğumuz projenin amaçlarından birisi Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Deney Hayvanları Araştırma Birimi’nin ihtiyacı olan bazı zaruri malzemelerin alınması ve hizmet kalitesinin arttırılarak güncel araştırmalara cevap verebilir hale getirilmesidir. Sunulan projenin amaçlarından diğeri ise, devam eden ve planlanan birçok projede aktif olarak kullanılan akım sitometri-saflaştırma sisteminin bakım, onarım ve kalibrasyonlarının yapılabilmesi ayrıca bir yıl boyunca da parça garantili servis anlaşmasının sağlanması olarak belirlenmiştir.
27.03.2018 – 27.12.2018 NAİL CAN ÖZTÜRK, ŞAKİR NECAT YILMAZ, DERYA YETKİN, TAMER YENER
MCF-7 meme kanseri hücre hattında Fulvestrant'ın sitotoksik etkisinin hERG1 potasyum kanalı gen ekspresyonu üzerine etkisinin araştırılması
Voltaj bağımlı iyon kanalları normalde sinir, kas gibi uyarılabilir dokularda elektriksel aktivitenin üretimi, hücre içi sinyal, hormon sekresyonu, hücre proliferasyonu ve hücre hacim düzenlenmesi gibi temel fizyolojik fonksiyonlarda hayati rol oynar. Voltaj bağımlı Potasyum (K) kanal ailesine ait HERG1’in artmış ekspresyonu meme kanserinde gösterilmiştir. Fulvestrant meme kanseri tedavisinde kullanılan, antiproliferatif etkiye sahip bir östrojen reseptör antagonistidir. Yapılan çalışmalarda fulvestrantın klinikte kullanılan diğer antiöstrojenlerden farklı kılan pek çok karakteristik özelliği bulunmaktadır. HERG1 potasyum kanalı gen ekspresyonu üzerine fulvestrantın etkisine dair literatürde bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışmada MCF-7 meme kanser hücre hattında fulvestrantın HERG1 K+ kanal gen ekspresyonu üzerine etkisi araştırılacaktır.
03.07.2017 – 03.07.2018 SERAP YALIN, ÜLKÜ ÇÖMELEKOĞLU, ALİ ERDİNÇ YALIN, FATMA SÖĞÜT, DERYA YETKİN, PELİN EROĞLU, ŞAKİR NECAT YILMAZ
Meme Kanseri Hücre Hattında Tamoksifen ve Vitamin D Kombinasyonun Apoptoz ve Hücre Döngüsü Üzerine Etkilerinin İncelenmesi
Amaç: Meme kanseri Türkiye’de ve dünyada en sık görülen kanser türlerinden biridir ve kanser nedeniyle gelişen ölüm oranları arasında en üst sıralarda yer almaktadır. Bu nedenle tedaviye yönelik farklı çalışmalar yapılmakta ve farklı maddelerin bu hastalık üzerindeki etkileri yoğun bir şekilde araştırılmaktadır. Bu çalışmada,Tamoksifen ve Vitamin D’nin uygulanacağı meme kanseri hücre hattındaki olası antikanserojenik, apoptotik ve hücre döngüsündeki değişiklikleri incelemeyi amaçlamaktayız. Materyal ve Metot: Çalışmada kullanılan insan meme kanseri MCF-7 hücre hattına, Tamoksifen ve Vitamin D’ninsitotoksik dozunu ve IC50 değerini belirlemek için, 10 nM - 100 000 nMkonsantrasyon aralığında bu maddeleri uygulamaktır. Bu uygulamanın ardından hücre hatlarında RochexCELLigence RTCA DP cihazı ile 96 saat boyunca hücre canlılık eğrileri değerlendirilecektir.Etkin dozlar belirlendikten sonra, ilaç ve vitamin uygulanmayan kontrol grubu ve 5 µM, 10 µM, 20 µMkonsantrasyonlarda 96 saat süreyle Tamoksifen, Vitamin D ve Tamoksifen ve Vitamin D olmak üzere 4 deney grubu oluşturuldu. Bütün deney gruplarında hücre apoptozu, hücre dögüsüdüzeyleri ve hücrelerde meydana gelecek ultrastrüktüreldeğişiklikler incelenecektir. Bulgular: MCF-7 hücrelerine uygulanan Tamoksifen ve Vitamin D’nin birlikte kullanılmasının hücre çoğalmasını engelleyebileceğini, yani sitotoksik etki yaparak kanser hücrelerini apoptoza sürükleyeceğini düşünmekteyiz. Aynı zamanda bu maddelerin birlikte kullanılmasının hücre döngüsü üzerine ve etkilerini inceleyeceğiz. Sonuç: Çalışma sonuçlarında, Tamoksifen ve Vitamin D’nin birlikte kullanılmasının hücre apoptozunuarttıracağını düşünmekteyiz. Vitamin D’nin bu etkileri göz önüne alındığında kanser tedavisinde kullanılabilecek bir ajan olabileceği sonucuna varılabilir. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, Apoptoz, Tamoksifen, Vitamin D, Hücre Döngüsü, Ultrastrüktürel
04.01.2016 – 04.01.2018 DERYA YETKİN, EBRU BALLI
Eriskin Olfaktör Nörogenezinde DNA Metilasyon ve Demetilasyon Dinamiklerinin Olası Rolü
Beyindeki kök hücrelerin Nörogenezi
01.11.2014 – 01.11.2017 ŞAKİR NECAT YILMAZ, NAİL CAN ÖZTÜRK, DERYA YETKİN
Diyabetin İmplantasyon Penceresi Dönemindeki Fare Endometriyumunda Laminin Ekspresyonuna ve İnce Yapıya Etkisi
Diyabetik fare uterus epitelinde laminin ekspresyonu incelenmesi
25.11.2009 – 25.11.2010 DERYA YETKİN, BANU COŞKUN YILMAZ