CA18208 - Novel tools for test evaluation and disease prevalence estimation
Epidemiological studies assessing disease prevalence are critically important to both the identification and control of pathogens in humans and animals (including zoonosis and food borne outbreaks). However, countries typically collect data in a way that is best suited for their specific needs, and non-standardized sampling strategies and diagnostic methods produce prevalence estimates that cannot be directly compared. Hence, the need for harmonization, which has been often highlighted in reports of relevant EU institutions, like the ECDC and EFSA. Despite the availability of appropriate statistical methods – Bayesian Latent Class Models (BLCMs) – that adjust for the imperfect accuracy of the diagnostic process and produce comparable prevalence estimates, the number of research studies and scientific reports that use them is small compared to the number of instances that use of such methods would have been optimal. The objective of this proposal is to coordinate and promote the implementation of BLCMs through networking and knowledge transfer between BLCM experts and researchers working in statistics, epidemiology, diagnostics and population health. Specifically, we will (a) increase the visibility and collaboration of BLCM researchers, (b) promote stakeholder engagement, (c) provide training and networking opportunities for ECIs and ITC researchers, (d) create separate training opportunities for policy makers and stakeholders, (e) establish a free online BLCMs repository, (f) set up an International society for BLCMs and (g) organize the first international conference of this society. The strongest asset of this proposal is its strong interdisciplinary nature and broad network of proposers.
25.10.2019 – DİDEM DERİCİ YILDIRIM
Mesane kanseri tanısı alan hastalarda Raftlin polimorfizmi (rs690037) ve Raftlin düzeylerinin araştırılması
Mesane kanseri tanısı alan hastalarda Raftlin polimorfizmi (rs690037) ve Raftlin düzeylerinin araştırılması
01.03.2024 – MURAT BOZLU, Rojda Tanrıverdi, LÜLÜFER TAMER, ŞENAY BALCI FİDANCI, CEMİL GÜLÜM, DİDEM DERİCİ YILDIRIM, ALİ NEBİOĞLU
Mesane kanseri tanısı alan hastalarda Raftlin polimorfizmi (rs690037) ve Raftlin düzeylerinin araştırılması
Mesane kanseri tanısı alan hastalarda Raftlin polimorfizmi (rs690037) ve Raftlin düzeylerinin araştırılması
10.06.2024 – 29.11.2025 ŞENAY BALCI FİDANCI, LÜLÜFER TAMER, Rojda Tanrıverdi, Cemil Gülüm, MURAT BOZLU, DİDEM DERİCİ YILDIRIM
Maternal separasyona maruz kalan anne ve yavru erkek sıçanlarda anksiyete ve depresyon benzeri davranışların ve oksitosin gen değişiminin incelenmesi
Küçük yaşta özellikle anne ile kurulan bağlantı, çocuğun gelişimi açısından son derece önemlidir. Anne ile kurulan sağlıklı bir bağ, çocuğun duygusal, zihinsel ve sosyal gelişimine katkıda bulunur. Aynı zamanda çocuğun özgüveninin gelişmesine yardımcı olur. Anneden ayrılma stresi ise bireyin/hayvanın annesinden uzak kalmaya veya annesiyle birlikte olmaktan yoksun kalmaya bağlı olarak ortaya çıkan fizyolojik bir stres tepkisidir. Anneden ayrılma stresi, insanlarda da olduğu gibi diğer hayvan türlerinde de görülen doğal bir stres tepkisidir. Bu stres, özellikle küçük yaştaki bireylerde uzun süre devam ederse, ileriki yaşlarda kaygı bozuklukları, depresyon gibi ruhsal sağlık problemlerine neden olabilir. Bu nedenle, anneden ayrılma stresinin hayvanlarda da etkilerini anlamak için yapılan çalışmalar son derece önemlidir. Bu amaçla planladığımız çalışmada 21 gün boyunca günde 3 saat olacak şekilde postnatal dönemde annelerinden ayrılan yavru erkek sıçanların depresyon, anksiyete ve özellikle annelik davranışı ile ilişkili olduğu düşünülen oksitosin reseptörlerinin ekspresyon düzeylerine bakılacaktır. Aynı zamanda çalışmanın en önemli kısmı, bu anneden ayrılma stresinin anneler üzerindeki etkisinin de yine hem davranışsal hem de genetik düzeyde mekanizmalarını anlamaya yönelik bir şekilde incelenecek olmasıdır. 21 günlük Maternal separasyon stresinin bitimini takiben yavru erkek sıçanların ve annelerin anksiyete ve depresyon davranışları sırası ile açık alan, yükseltilmiş artı labirent ve porsolt yüzdürme tankı ile ile ölçülecektir. Davranış testlerinin bitiminde hayvanlar dekapite edilecek ve hipokampusları izole edilecektir. Oksitosin (Oxt, ID: 25504) ve oksitosin reseptör (Oxtr, ID: 25342) genlerinin ekspresyonları RT-PCR ile incelenecektir. Hayvanların stres düzeyi ise, kesim sonucunda elde edilen serum örnekleri kullanılarak ELISA yöntemi ile kortikosteron miktarının ölçülmesi ile belirlenecektir. Elde edilen veriler uygun istatistiksel yöntemler kullanılarak değerlendirilecektir. Sonuç olarak hayvan çalışmaları, anneden ayrılma stresinin insanlarda yarattığı etkileri anlamak için son derece önemlidir. Bu çalışmalar, çocukların gelişimi ve ruhsal sağlığı hakkında farkındalığı artırarak, ebeveynlere ve sağlık profesyonellerine yardımcı olabilecek ve ilgili tedavilerin geliştirilmesine katkıda bulunabilecektir.
01.11.2023 – 01.11.2025 ÖZGE SELİN ÇEVİK, KENAN ÇEVİK, DİDEM DERİCİ YILDIRIM, LEYLA ŞAHİN
Osteoporoz Tanısında Dolaşımdaki miRNA’ların Rolü
Osteoporozda kemik metabolizmasında etkili olduğu düşünülen miRNA’ların (miR-143-3p, miR-122-5p, miR-125b-5p, miR-210, miR-21-5p, miR-34a-5p, miR-155-5p, miR-223, miR-133a, miR-146a) rolünü belirlemek
22.11.2019 – 01.01.2025 DİDEM DERİCİ YILDIRIM, ŞENAY BALCI FİDANCI, MEHMET BURAK YAVUZ ÇİMEN, LÜLÜFER TAMER, Duygu CAN, ALİ BİÇER, ÜNZÜLE HANBABA
Maternal separasyona maruz kalan anne ve yavru erkek sıçanlarda anksiyete ve depresyon benzeri davranışların ve oksitosin gen değişiminin incelenmesi
Küçük yaşta özellikle anne ile kurulan bağlantı, çocuğun gelişimi açısından son derece önemlidir. Anne ile kurulan sağlıklı bir bağ, çocuğun duygusal, zihinsel ve sosyal gelişimine katkıda bulunur. Aynı zamanda çocuğun özgüveninin gelişmesine yardımcı olur. Anneden ayrılma stresi ise bireyin/hayvanın annesinden uzak kalmaya veya annesiyle birlikte olmaktan yoksun kalmaya bağlı olarak ortaya çıkan fizyolojik bir stres tepkisidir. Anneden ayrılma stresi, insanlarda da olduğu gibi diğer hayvan türlerinde de görülen doğal bir stres tepkisidir. Bu stres, özellikle küçük yaştaki bireylerde uzun süre devam ederse, ileriki yaşlarda kaygı bozuklukları, depresyon gibi ruhsal sağlık problemlerine neden olabilir. Bu nedenle, anneden ayrılma stresinin hayvanlarda da etkilerini anlamak için yapılan çalışmalar son derece önemlidir. Bu amaçla planladığımız çalışmada 21 gün boyunca günde 3 saat olacak şekilde postnatal dönemde annelerinden ayrılan yavru erkek sıçanların depresyon, anksiyete ve özellikle annelik davranışı ile ilişkili olduğu düşünülen oksitosin reseptörlerinin ekspresyon düzeylerine bakılacaktır. Aynı zamanda çalışmanın en önemli kısmı, bu anneden ayrılma stresinin anneler üzerindeki etkisinin de yine hem davranışsal hem de genetik düzeyde mekanizmalarını anlamaya yönelik bir şekilde incelenecek olmasıdır. 21 günlük Maternal separasyon stresinin bitimini takiben yavru erkek sıçanların ve annelerin anksiyete ve depresyon davranışları sırası ile açık alan, yükseltilmiş artı labirent ve porsolt yüzdürme tankı ile ile ölçülecektir. Davranış testlerinin bitiminde hayvanlar dekapite edilecek ve hipokampusları izole edilecektir. Oksitosin (Oxt, ID: 25504) ve oksitosin reseptör (Oxtr, ID: 25342) genlerinin ekspresyonları RT-PCR ile incelenecektir. Hayvanların stres düzeyi ise, kesim sonucunda elde edilen serum örnekleri kullanılarak ELISA yöntemi ile kortikosteron miktarının ölçülmesi ile belirlenecektir. Elde edilen veriler uygun istatistiksel yöntemler kullanılarak değerlendirilecektir. Sonuç olarak hayvan çalışmaları, anneden ayrılma stresinin insanlarda yarattığı etkileri anlamak için son derece önemlidir. Bu çalışmalar, çocukların gelişimi ve ruhsal sağlığı hakkında farkındalığı artırarak, ebeveynlere ve sağlık profesyonellerine yardımcı olabilecek ve ilgili tedavilerin geliştirilmesine katkıda bulunabilecektir.
01.11.2023 – 01.11.2024 ÖZGE SELİN ÇEVİK, KENAN ÇEVİK, DİDEM DERİCİ YILDIRIM, LEYLA ŞAHİN
Larenks Kanserinde Acı Tat Reseptör Polimorfizminin Rolü
Acı tadın, insanları toksik bileşiklerin tüketiminden korumak için geliştiği düşünülmektedir. Genetik olarak, acı bileşikleri tatma kabiliyetini tanımlamada kullanılan 6-n-propiltiyorasil (PROP) tadı hassasiyetinde, fenotipik varyasyonun ana genetik belirleyiciler TAS2R38 geninin allelleridir. TAS2R38 mutasyonları ve acı tat yanıtlarının, alkolizm, obezite, tiroid fonksiyonu ve kanser türleri dahil olmak üzere birçok hastalık ile bağlantılı olduğu bulunmuştur. Bu nedenle, bu çalışmada, baş ve boyun kanserlerinin risk faktörleriyle de ilişkili olduğu düşünülen acı tat reseptör genlerin veya bu genlerdeki polimorfizmlerin larenks kanserindeki rolünü belirlemesi amaçlandı. Çalışmaya larenks kanseri tanısı alan 44 hasta ve 38 kontrol grubu olmak üzere 82 birey dahil edildi. Tam kan örneklerinden DNA izolasyonu yapıldı ve elde edilen DNA örneklerinden, TAS2R38 (rs713598, rs1726866, rs10246939) polimorfizminin analizi RT-PCR cihazında gerçekleştirildi.
22.11.2019 – 05.05.2022 Duygu CAN, LÜLÜFER TAMER, ŞENAY BALCI FİDANCI, CENGİZ ÖZCAN, DİDEM DERİCİ YILDIRIM
Orak hücreli anemili çocuklarda solunum sistemi allerjik hastalıkları sıklığının belirlenmesi ve ekshalasyon havasında nitrik oksit ile ilişkisinin araştırılması
Orak hücreli anemi dünyada en sık görülen hemoglobinopatilerden biridir. Türkiye genelinde sıklık %0.3-0.6 arasındayken, özellikle Çukurova bölgesinde bazı yörelerde bu sıklık %3-44’e ulaşmaktadır. Orak hücre hastalığı olan çocuklarda astım sıklığının araştırıldığı çalışmalara bakıldığında; Koumbourlis ve ark., yaptıkları kesitsel çalışmada OHA’lı çocukların %35 kadarında alt havayolu obstrüksiyonu saptadıklarını bildirmişlerdir. Aynı yazarlar, solunum fonksiyon testleri ile yapılan değerlendirmelerde, hastaların %54’ünde bronkodilatör yanıtının pozitif olduğunu ifade etmişlerdir. Özbek ve ark., metakolin provakasyon testi ile değerlendirdikleri havayolu hiperreaktivitesi oranının, OHA’lı çocuklarda %77 pozitif olduğunu bildirmişlerdir. Birçok diğer çalışmada da havayolu hiperreaktivitesi ve OHA arasındaki ilişki değerlendirilmiş, ve %35 ile %77 arasında değişen oranlarda birliktelik olduğu kaydedilmiştir. Knight-Maden ve ark., yaptıkları çalışmada OHA’lı çocuklarda astım varlığında, 10 yıl içerisinde mortalite gelişim riskinin %11.2 arttığını bildirmişlerdir. Bilindiği üzere; astımda modifiye edilebilir risk faktörleri mevcuttur ve bu faktörlerin OHA morbidite ve mortalitelerinin önlenmesinde önemli bir yere sahip olduğu düşünülmektedir. OHA’lı hastalarda astımın bu kadar yüksek görülmesi sadece genetik yatkınlıkla açıklanamaz, bu iki hastalığın benzer inflamatuar mekanizmaları paylaştıkları düşünülmektedir. Astıma atfedilen mekanizmalar kompleks, ve multifaktöriyeldir. Genetik poliformizmler, çevresel ve enfeksiyöz etkenlerin tamamı bu mekanizmalara katkı sağlayabilmektedir. Astım ile; OHA’daki vaskülopatiye katkı sağladığı bilinen inflamasyon, oksidatif stres ve hipoksemi arasındaki ilişki dikkate alındığında, ek olarak bu faktörlerin yarattığı orak eritrositlerin sonuçları da değerlendirildiğinde; OHA ile ilişkili olarak bazı komplikasyonların meydana gelmesi sürpriz sayılmamalıdır. Bu hastalardaki astımın yüksek prevelansı, sadece genetik yatkınlığa bağlanamaz, muhtemelen bu hastalarda astım ve OHA’nın arka planda benzer mekanizmaları paylaştığı düşünülmektedir. OHA’lı hastalar, astım-benzeri durumlar için artmış risk altındadır, aynı zamanda hemoliz-ilişkili olarak eritrositlerden arjinaz salınımı ve düşük nitrik oksid biyokullanılabilirliği gibi tablolar da klasik astım tablosunun risklerini arttırmaktadır. OHA’lı hastalarda astımın sık görülen birçok semptomu; vizing, obstrüktif akciğer hastalığı ve havayolu aşırı yanıtı gibi özellikler görülmektedir. Orak hücreli anemi tanısı almış hastalarda akut göğüs sendromu, sık görülen bir komplikasyondur. Akut göğüs sendromu, bulguları itibariyle astımla karışabilmektedir. Ayrıca orak hücre anemili hastalarda literatür verilerine göre astımın yüksek sıklıkta görüldüğü tespit edilmiştir. Bu iki hastalığın birbiriyle etkileştiği, hatta bazı ortak mekanizmaları paylaştıkları düşünülmektedir. Çalışmamızda bu konuya dair nitrik oksit metabolizması ile ilgili bir değerlendirme yapılması planlanmıştır
04.01.2016 – 04.07.2016 SEMANUR KUYUCU, SELMA ÜNAL, TUĞBA ARIKOĞLU, DİDEM DERİCİ YILDIRIM, MELİH ER, LÜLÜFER TAMER, ŞENAY BALCI FİDANCI